Kierownictwo Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie stanowią Prokurator Apelacyjny i dwóch Zastępców Prokuratora Apelacyjnego.

Na podstawie zarządzenia Prokuratora Apelacyjnego w Warszawie z dnia 13 kwietnia 2010 r. w sprawie struktury organizacyjnej Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie (z późn zm.),  tworzy się następujące komórki organizacyjne:

 
I. Wydział I Organizacji Pracy Prokuratur obejmujący zakresem swojego
działania sprawy:
1) organizacyjne i kadrowe,  
2) przygotowywania posiedzeń zgromadzenia prokuratorów i kolegium prokuratury apelacyjnej,
3) szkoleń prokuratorów, aplikantów i urzędników,
4) działalności rzecznika dyscyplinarnego,
5) sprawozdawczości i statystyki,
6) skarg i wniosków,
7) kontaktów z prasą,
8) udostępniania informacji publicznej
9) nadzoru nad biurowością i pracą sekretariatu.
10) zadania nie objęte właściwością innych komórek organizacyjnych.

        W ramach Wydziału I Organizacji Pracy Prokuratur tworzy się Dział do Spraw Informatyzacji i Analiz, do którego zadań należy:
- wykonywanie zadań związanych z administrowaniem przez Prokuratora Apelacyjnego danymi w systemach informatycznych,
- koordynowanie wprowadzania do praktyki w prokuraturach okręgowych ogólnopolskich oraz lokalnych systemów informatycznych,
- prowadzenie stanowiska dostępowego do Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych,
- zapewnienie technicznej obsługi czynności związanych z zastosowaniem w postępowaniu karnym technik informatycznych,
- kontrolowanie przestrzegania zasad bezpieczeństwa systemów informatycznych oraz ochrony danych osobowych w Prokuraturze Apelacyjnej i prokuraturach okręgowych,
- wykonywanie analizy kryminalnej,
- koordynowanie szkoleń w zakresie informatyzacji na terenie okręgu apelacji,  
- prowadzenie strony internetowej Prokuratury Apelacyjnej,
- obsługa Biuletynu Informacji Publicznej,
- wykonywanie innych zadań związanych z informatyzacją prokuratur.
Wydziałem I Organizacji Pracy Prokuratur kieruje Naczelnik, zaś Działem do Spraw Informatyzacji i Analiz - Kierownik.
Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.

II. Wydział II Postępowania Sądowego obejmujący zakresem swojego działania sprawy: 
1) udział prokuratorów w postępowaniu odwoławczym przed sądem apelacyjnym w sprawach karnych,
2) udział prokuratorów w postępowaniu odwoławczym przed sądem apelacyjnym w sprawach cywilnych, ze stosunku pracy, ubezpieczeń społecznych i gospodarczych,
3) udział prokuratorów w postępowaniu przed sądami administracyjnymi,
4) nadzoru nad udziałem prokuratorów prokuratur okręgowych i rejonowych w postępowaniu przed sądami i innymi organami,
5) kształtowanie praktyki prokuratorskiej w zakresie postępowania sądowego,
6) analiza orzecznictwa sądu apelacyjnego i wojewódzkiego sądu administracyjnego oraz badanie zasadności i poziomu środków zaskarżania wnoszonych przez podległe jednostki organizacyjne.
Wydziałem II Postępowania Sądowego kieruje Naczelnik. Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.
III. Wydział III Nadzoru nad Postępowaniem Przygotowawczym, do którego zadań należą sprawy:
1) wykonywanie nadzoru instancyjnego w zakresie środków odwoławczych rozpoznawanych przez prokuratora nadrzędnego oraz innych form nadzoru procesowego,
2) sprawowanie zwierzchniego nadzoru służbowego oraz kontroli nad śledztwami prowadzonymi w prokuraturach okręgowych.
3) koordynowanie i kontrola prawidłowości sprawowania nadzoru służbowego nad postępowaniem przygotowawczym przez prokuratury okręgowe,
4) koordynowanie działalności w zakresie ścigania przestępstw, prowadzonej przez inne organy,
5) kształtowanie praktyki w zakresie zwalczania przestępczości na podstawie badań akt, analiz informacji przekazywanych przez prokuratury okręgowe oraz innych ustaleń,
6) rozstrzyganie sporów kompetencyjnych,
7) obrót prawny z zagranicą.
Wydziałem III Nadzoru nad Postępowaniem Przygotowawczym kieruje Naczelnik. Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Zastępca Prokuratora Apelacyjnego.

IV. Wydział IV do spraw Wizytacji i Okresowej Oceny Prokuratorów, do którego zadań należą sprawy:
1) przeprowadzanie wizytacji i lustracji prokuratur okręgowych oraz koordynowanie działań podległych prokuratur okręgowych w tym zakresie,
2) przeprowadzanie innych działań o charakterze kontrolnym i analitycznym na podstawie badań akt oraz innych ustaleń, w szczególności w sferze postępowania karnego i działalności pozakarnej na obszarze działania prokuratury apelacyjnej,
3) dokonywanie ocen pracy prokuratorów wykonujących czynności w podległych prokuraturach okręgowych
4) wykonywanie zadań w zakresie dokonywania ocen kwalifikacyjnych pracowników prokuratury apelacyjnej
 Wydziałem IV do Spraw Wizytacji i Okresowej Oceny Prokuratorów kieruje Zastępca Prokuratora Apelacyjnego, na nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny. 
 
V. Wydział V do Spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji, do którego zadań należy:
1) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych
w sprawach o przestępstwa:
a) o charakterze terrorystycznym,
b) noszące cechy zorganizowanej przestępczości,
c) korupcji w organach władzy ustawodawczej, organach administracji rządowej, samorządowej, wymiaru sprawiedliwości, ścigania i kontroli,
d) inne, które ze względu na wagę sprawy, zostały przekazane przez Prokuratora Apelacyjnego do prowadzenia w Wydziale,
2) udział prokuratorów w postępowaniu sądowym w sprawach wymienionych w pkt 1 rozstrzyganych w pierwszej i drugiej instancji oraz w toku czynności sądowych w postępowaniu przygotowawczym.
Wydziałem V do Spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji kieruje Naczelnik. Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Zastępca Prokuratora Apelacyjnego.

VI. Wydział VI Budżetowo-Administracyjny, do którego zadań należą sprawy:
1) zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań i funkcji przez dysponenta budżetu odpowiednio drugiego i trzeciego stopnia,
2) prowadzenie rachunkowości,
3) zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań związanych z udzielaniem zamówień publicznych w rozumieniu ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. — Prawo o zamówieniach publicznych,
4) obsługa administracyjno- gospodarcza,
5) prowadzenie inwestycji i remontów
6) prowadzenie spraw socjalno — bytowych,  
7) zapewnienie ochrony przeciwpożarowej oraz bezpieczeństwa i higieny pracy.

W ramach Wydziału VI Budżetowo - Administracyjnego tworzy się Dział Finansowo - Księgowy, do którego zadań należy:
- zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań i funkcji przez dysponenta budżetu drugiego stopnia, w tym sprawowanie nadzoru i kontroli nad przebiegiem wykonania zadań określonych w planach finansowych podległych dysponentów oraz przestrzeganiem przez nich zasad gospodarki finansowej,
- prowadzenie rachunkowości.
Wydziałem III Budżetowo-Administracyjnym kieruje Dyrektor Finansowo-Administracyjny, zaś Działem Finansowo - Księgowym — Kierownik.
Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.

VII. Samodzielny Dział Ochrony Informacji Niejawnych kierowany przez pełnomocnika do spraw ochrony informacji niejawnych, podlegającego bezpośrednio Prokuratorowi Apelacyjnemu.
W skład Działu wchodzi kancelaria tajna, w tym dla potrzeb Wydziału V — oddział kancelarii tajnej.
Do zadań Działu należy ochrona wytwarzanych, przetwarzanych, przekazywanych lub przechowywanych informacji niejawnych.

Tworzy się Sekretariat do wykonywania prac kancelaryjno-biurowych i pomocniczych w sprawach załatwianych przez prokuratorów w ramach ich kompetencji, w skład którego wchodzą:
a. biuro podawcze,
b. hala maszyn,
c. archiwum zakładowe,
d. biblioteka,
e. składnica dowodów rzeczowych.
Sekretariatem kieruje Kierownik, zaś nadzór nad nim sprawuje Naczelnik Wydziału I Organizacji Pracy Prokuratur.
 
Tworzy się w Prokuraturze Apelacyjnej w Warszawie samodzielne stanowiska pracy nadzorowane bezpośrednio przez Prokuratora Apelacyjnego:
a) starszego inspektora do spraw obronnych do wykonywania zadań w zakresie obronności państwa,
b) audytora wewnętrznego do wykonywania zadań w zakresie audytu wewnętrznego.